安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班（學校）。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。
學校是國家中醫臨床研究基地、國家中藥現代化科技產業（安徽）基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、國家博士授權單位、碩士研究生推薦免試單位。2005年以良好成績通過國家教育部本科教學工作水平評估，2009年、2016年學校以優異成績分別通過國家教育部中醫學、中藥學專業試點認證。
學校現占地總面積1269.68畝，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四個校區。分別坐落于合肥市前江路1號、梅山路103號、史河路45號,壽春路300號。教學科研儀器設備總值24653.10萬元。圖書館藏書近201.55萬冊（其中紙質圖書99.35萬冊），古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥標本中心儲藏了15萬份藥用植物臘葉標本，是全國醫藥院校珍藏標本最豐富的標本館。新安醫學文化中心是安徽省中醫藥文化宣傳教育基地。
學校現有全日制在校生15373人（其中博士生、碩士生1376人）。現有16個二級學院（部）（含3所直屬附屬醫院）、5所非直屬附屬醫院。現有教職工4400人（含附院），其中副高以上職稱人員718人。國醫大師2人，安徽省高校領軍人才5人，博士生導師31人，碩士生導師472人；享受國務院特殊津貼27人、省政府特殊津貼9人；安徽省學術與技術帶頭人、后備人才25人；國家名老中醫學術經驗項目指導教師28人。有來自國內外的55名知名專家學者擔任我校客座教授。
學校現有24個本科專業（其中國家教育部高等學校特色專業5個，22個專業列入一本招生），有3個一級學科博士學位授予點，10個一級學科碩士學位授予點、20個二級學科碩士學位授予點、5個碩士專業學位授權點。有國內一流學科B類項目1個、安徽省學科建設重大項目2個、國家中醫藥管理局重點學科17個，省級B類重點學科12個。有7個衛生部國家臨床重點專科，21個國家中醫藥管理局重點建設專科、23個安徽省中醫藥重點專科。
學校以人才培養為第一要務，牢固確立教學中心地位，把提高教育教學質量作為永恒主題，注重學生創新精神與能力素質的培養，堅持“弘揚新安醫學，培育中醫人才”的辦學特色，在扎實做好專業教學基礎上，注重傳承能力和創新能力培養，人才培養質量不斷提高。學校現有2個國家級教學團隊、12個省級教學團隊、2個國家級實驗教學示范中心、1個國家級專業綜合改革試點項目、2個國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃、2位國家中醫藥高等學校教學名師。“十二五”以來，新增1門國家級精品課程、1門國家級精品資源共享課程、29門省級精品課程,先后獲國家級、省級質量工程項目200余項，國家級教學成果二等獎1項、省級教學成果特等獎2項、一等獎5項。
學校注重辦學特色的彰顯，深入推進教學改革，舉辦新安醫學教改實驗班，建立臨床客觀結構化考試中心。設立大學生課外科技創新與創業基金；開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學生知識技能競賽和“挑戰杯”等各級各類競賽活動；廣泛開展各類社會實踐活動。2010—2015年學校共有學生200余人次在學術科技與創新創業領域獲省部級以上表彰和獎勵80 余項。學校曾被授予全國大中學生志愿者“三下鄉”社會實踐活動先進集體。近五年以來，學校畢業生平均就業率在94%以上，連續獲得安徽省普通高校就業工作“先進集體”或“標兵單位”稱號。
學校大力推進科技強校戰略，積極促進教學水平與人才培養質量的提高。近5年來，學校共承擔各級科研項目1540項，其中包括國家科技支撐計劃項目“新安醫學傳承與發展研究”、以國家重點研發計劃“安徽省高品質道地中藥材規模化種植及精準扶貧示范研究”等國家級項目近200項，取得研究成果310項，獲得省部級以上科技獎勵41項（其中國家科技進步二等獎1項，中華中醫藥學會科技獎一等獎1項，省科技獎一等獎3項）。現有10個省級科技創新團隊，41個省級以上重點實驗室及工程（技術）研究中心。建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟。學校被國家科學技術部授予“全國科技特派員工作先進集體”稱號，被國家中醫藥管理局授予“中醫藥科技管理工作先進集體”稱號。學校獲中華中醫藥學會“推動中醫藥學術發展特別貢獻獎”。
學校不斷加強產學研用合作，服務地方經濟社會建設能力不斷增強。學校與黃山、亳州、六安、桐城、廬江、績溪、舒城、太和等10余個市縣人民政府簽訂全面合作協議，與華潤三九、江蘇康緣、億帆鑫富、海南海力、廣州一方、安徽濟人藥業等國內知名中醫藥企業簽訂戰略合作協議，建有亳州濟人藥業等40余個產學研合作基地，服務地方經濟社會發展的能力不斷提升。積極為政府在出臺有關中醫藥發展規劃和相關政策提供決策咨詢，學校在國家中藥現代化科技產業（安徽）基地建設中做出了積極貢獻。第一附屬醫院是全省最大的三級甲等綜合性中醫醫院；第二附屬醫院是全國首家也是規模最大的三級甲等針灸專科醫院；第三附屬醫院是國家第三批重點建設的中西醫結合醫院，神經病學研究所附屬醫院是一所國內外有影響的以“肝豆狀核變性診治”為優勢的專科醫院，國醫堂是一所為廣大患者以純中醫方式為主要醫療手段的醫療單位，其都成為開展社會服務的重要力量。
學校與美國、澳大利亞等19個國家和地區的50個醫療和教育機構建立了友好合作關系。1994年獲準招收國外留學生，先后有20多個國家和地區的學員來校攻讀碩士、學士學位以及臨床研修。與美國、瑞典、新加坡、日本、韓國及港澳臺地區的院校開展學者互訪和學生交流活動。
在59年的辦學歷程中，學校逐漸形成了以“至精至誠、惟是惟新”為校訓的優良傳統。目前，學校已發展成一所以中醫藥學科為主，相關學科協調發展，辦學層次齊全，中醫藥特色鮮明的高等中醫藥院校。
面向未來，學校將進一步堅定中醫信念，弘揚中醫精神，秉承“至精至誠、惟是惟新”的理念，實施“質量立校、人才興校、科技強校、特色弘校、文化塑校、和諧融校”的辦學方略，圍繞特色，強化優勢，提升質量，著力培育“精誠是新”中醫藥人才，構筑安徽中醫藥協同創新高地，弘揚“北華佗南新安”中醫藥文化，引領安徽中醫藥事業產業發展，建成富有特色、卓有貢獻、高水平有影響的安徽中醫藥大學，為建設美好安徽、服務人民大眾健康做出更大貢獻。
