1996年3月9日，成立了山東大學產權研究所，最初幾年在產權理論和制度經濟學領域取得重要成果。2001年6月，合并重組后的山東大學，通過師資隊伍和學科的整合，以產權研究所為基礎改組擴建為經濟研究院（中心），使之成為獨立建制、直屬學校的學院級科研和研究生培養機構，教育部長江學者特聘教授黃少安任院長。
研究院始終堅持以“崇尚經濟科學、培養優秀人才、服務社會進步”為宗旨，堅持兼容并蓄、自由發展。
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